Непосредствено след завладяването на българските земи Василий II въвежда византийската държавно-административна уредба. Югозападните български територии са обособени в тема „България“ с център Скопие. Тя се управлява от катепан. Тема „Паристрион“ (Подунавието) обхваща земите между Стара планина и р. Дунав. Административният център на управителя, титулуван „дук“, е град Дръстър. Третата тема „Сирмиум“ включва част от северозападните български земи с център Сирмиум (дн. Сремска Митровица). Останалите територии минават към другите византийски теми – Навпатска, Македония, Волерон.
Първоначално завоевателите запазват отделното съществуване на българската църква с нейното седалище Охрид, но Патриаршията е понижена в архиепископия. За пръв Охридски архиепископ е определен дебърският монах Йоан – българин по произход. В диоцеза на Българската охридска архиепископия са включени почти всички епископства с изключение на тези около Сяр, Солун, Южна Тракия и Родопите. От грамотите на Василий II до Охридската архиепископия е видно, че той запазва привилегиите на българската църква като поземлен собственик, запазено е и изплащането на църковен данък каноникон. Българските манастири с висшето духовенство получават значителна самостоятелност. Органите на византийската администрация се задължават да оказват почит и послушание на българския архиепископ и да не пречат на църковните и манастирските работи. Може да се допусне, че императорът прави това, за да намери опора на своята политика и за да укрепи своята власт в завладението с много труд български земи. Тази лоялност е един вид отплата за съдействието, което е получил от духовниците при превземането на някои важни крепости, за което има сведения в императорските грамоти.
След смъртта на Йоан Дебърски архиепископският и по-висшите санове се заемат от византийци, само нисшият клир – български. Византийските архиереи са чужди на духовните потребности на българите. Те не владеят езика на паството си. По този начин българските епископски центрове утвърждават византийската култура и книжовност. Някои български манастири опазват родната книжнина, а в църквите на по-малките селища се използва богослужебният български език.
Византийската власт прилага спрямо покореното население оръжието на преднамерените демографски промени. Българите са подложени на съзнателно асимилиране, за да се намали способността им за съпротива. Мнозинството от българската аристокрация и родственици на българския цар Иван Владислав (1015-1018) са прокудени от родината. По сведения на арабския автор Яхия Антиохийски много знатни българи са устроени в Грузия и Армения, където получават земи, служби и се сродяват видни византийски семейства. В големите градове и гранични области са настанени ромейски войници, а военно-административното управление от поето от византийци. Василий II оставя на предишните длъжности онези боляри, които доброволно предават поверените им крепости по време на покоряването на България.
По данни на Йоан Скилица може да се приеме, че по-голямата част от службите в провинциалната администрация са поверени на българи. Запазен е и видът и размерът на данъците с цел да се смекчи чувството на населението, че се намира под чужда власт.
След смъртта на Василий II през 1025 г. положението на българите постепенно се усложнява. Нуждата от парични постъпления за държавата довежда до замяната на част от натуралните данъци с парични. Въведени са нови налози. Главно селячеството се адаптира към промените, защото в Първото българско царство липсва монетно обращение. Налага се селяните да продават неизгодно продукцията си, за да могат да изпълнят задълженията си. Това от своя страна довежда до обединяване и разорение на голяма част от българското селячество.
В резултат на завоеванието българските земи са въвлечени в по-развитата стопанска система на Византия, в това число и нови за българите режим на поземлена собственост. През XI в. в империята се появява нова форма на земевладение, наречена прония. Императорът дарява земя на свои чиновници. Фактът, че прониарите не притежават наследствени права върху земята ги кара да я използват максимално с цел по-големи доходи от нея и то веднага, което е предпоставка за своеволия спрямо селското население. Освен това по нововъведената система на синона производителите са принудени да продават продукцията на цени по-ниски от обичайните.
Положението на българските земи се усложнява и от опустошителните набези на различни номадски племена. През 1032 и 1034 г. са регистрирани нападения на печенегите. Около 1064 г. узите преминават р. Дунав и достигат до Солун. Особено опасни са походите на куманите в края на XI и началото на XII в. През XII в. на северозапад вилнеят маджарите. Югозападните български територии нееднократно изпитват ужаса от нормански нашествия. Създали своя държава в Италия, през 80-те години на XI в. норманите нахлуват през Адриатическо море на Балканите, слагат ръка върху значителни територии, като в тяхното владение преминават българските крепости Скопие, Охрид, Сервия, Мъглен и др.
Българските земи се оказват на пътя на кръстоносците от Първия кръстоносен поход (1096-1097). От Македония към Солун минават три техни армии, които грабят местното население. Особено необуздани в опустошенията са колоните, предвождани от Валтер Голтака и Петър Пустинника, които се насочват от Белград към Средец. Българите на много места не се осланят на помощта на имперските сили и сами нападат грабителите, като им нанасят сериозни поражения. По-късно през българските земи преминават и войските на Втория кръстоносен поход (1147-1149), които също извършват сериозни опустошения. Бързото влошаване на условията на живот в резултат на данъчните промени, липсата на законна закрила от злоупотребите, слабостта на империята да предотврати бедите от външните нападения затвърждават надеждата на българите сами да организират своето освобождаване.
Разгръщат се две широки по мащаб въстания: през 1040-1041 г. начело с Петър Делян и през 1072-1073 г. под водачеството на Георги Войтех.
Първото от тях е много сериозен опит да бъде освободена България, а неговият предводител е провъзгласен за цар под името Петър II. Според византийците Петър Делян е самозванец. Той е син на Гаврил Радомир от брака му с маджарска принцеса. Въстанието, което оглавява е обявено през 1040 г. в Белград. Бързо са овладяни Ниш и Скопие. Обезпокоен от неблагоприятното развитие на събитията император Михаил I натоварва управителя на Драчката област да поеме отбраната на района. Неговите войници, предимно българи, отказват да му се подчиняват и застават на страната на въстаниците. Български стават Драч и Солун.
Въстанието придобива големи размери и вестта за него достига до Армения, където е заточен Алусиян, син на Иван Владислав. Обнадежден от развоя на събитията, той след много перипети достига до лагера на въстаниците. Въпреки дадените му правомощия, той не оправдава гласуваното му доверие. При едно пиршество верните на Алусиян въстаници успяват да ослепят Петър Делян, след което Иван-Владиславовия син признава властта на василевса.
Няколко години по-късно започва въстание с център югозападните български земи. Подготовката му е ръководена от Георги Войтех, който е от „рода на кавханите“, т.е. има знатно потекло. Предводителите на народа се обръщат към сръбския крал с молба да му изпрати сина си Константин Бодин, който по майчина линия е внук на Самуил. През 1072 г. той се появява в българските земи. Въстанието е обявено в Призрен, където Бодин е провъзгласен за цар под името Петър III. В случая се търси приемственост от първия български цар Петър, канонизиран от българската църква за светец. Константин Бодин се насочва към Ниш, а друг отряд към Костур. Скоро става ясно, че Самуиловия потомък има намерение да присъедини българските територии към Сръбското кралство. Това разколебава въстаниците и Георги Войтех предава Скопие на византийския император. Скоро след това византийската армия надделява окончателно и пленява Константин Бодин.
Следват още няколко бунта на Нестор в Подунавието (1074), бунтовете на Драгомир и Лека в Средец и Месемврия (1079), павликянските нападения в Пловдив начело с Травъл (1084-1086) и др. Те стават израз на постоянния стремеж към възстановяване на своята държавна независимост. Тази основна цел на освободителните движения от XI в. Намира израз в провъзгласяването на двете най-масови български въстания – Петър Делян, известен като Петър II, и Константин Бодин, познат като Петър III.
При управлението на император Андроник I Комнин (1183-1185) кризата във Византия се разразява с пълна сила. Най-големите обаче се оказват външно-политическите проблеми. Тя вече не владее по-голямата част от Мала Азия. В нейните балкански владения се активизира експанзията на сърби, маджари и нормани. През 1183 г. унгарският крал Бела III обявява война на империята и в съюз със сърбите навлиза във византийската територия. Унгарско-сръбските войски превземат градовете Белград, Браничево, Ниш и Средец. От Средец те вземат мощите на българския светец Иван Рилски и ги пренасят в столицата си Естергом. През лятото на 1185 г. във византийската столица избухва бунт и Андроник Комнин е заловен и убит. На императорския престол се възкачва водача на бунта – Исак II Ангел (1185-1195), чийто знатен род е свързан с династията на Комнините. В разгара на тази вътрешно- и въшнополитическа обстановка през 1185 г. избухва въстанието на братята Асен и Петър.